吹田の地名は「行基年譜」の「次田堀川(すきたのほりかわ)」とあるのが初見で、平安時代前期に「清住寺領吹田庄」の成立が12世紀末に書かれています。
明治22年(1889年)に、地下水が豊富で水運のよい吹田に、現アサヒビール工場が開設、大正12年(1923年)には国鉄吹田操車場が操業を開始し、”ビールと操車場の町” といわれるようになりました。大正10年(1921年)には、大阪市内とを結ぶ北大阪電鉄も開通し、大阪市の商況業の発展にともない、近郊住宅街として開けました。
明治41年(1908年)に町政を敷いた吹田は昭和15年(1940年)に豊津村、岸辺村、千里(ちさと)村と合併、人口6万3181人の吹田市が誕生しました。戦後、昭和28年(1953年)に下新田と、同30年(1955年)には山田村と合併して現在の市域に。これらの合併が千里ニュータウンや万博、大学用地としての新しい時代に基礎となりました。
2000年には市制施行60周年を迎え、さまざまな記念行事が開催されました。さらに2001年には「特例市」となり、これまで以上に地域の実情や環境に応じたまちづくりを進めることができるようになりました。